北京市海淀區食品經營許可證的辦理流程如下：

1. 選擇合適的辦事窗口：在辦理食品許可證的過程中，首先要確定所需辦理的證照類型。在海淀區市場監管部門有專門的窗口進行食品許可證的申請和審批。不同類型的許可證所需資料不同，需要到對應的窗口進行辦理。具體信息可在海淀區市場監督管理局網站上查詢。

2. 準備相關材料：根據《食品經營許可管理辦法》，申請食品經營許可，應當向申請人所在地縣級以上地方食品藥品監督管理部門提交下列材料：食品經營許可申請書；營業執照或者其他主體資格證明文件復印件；與食品經營相適應的主要設備設施布局、操作流程等文件；食品安全自查、從業人員健康管理、進貨查驗記錄、食品安全事故處置等保證食品安全的規章制度。

3. 提交材料：將準備好的材料提交給窗口，如果材料齊全，會領取到《材料接收憑證》或《受理通知書》，等待許可核準結果。如果需要現場核查，要配合食品藥品監管部門現場核查。

4. 領取許可證：如果順利通過核準，可以領取《食品經營許可證》，一般情況下，整個流程需要20個工作日，如果有特殊情況，會延長10個工作日，然后10個工作日內下發許可證。

以上流程僅供參考，實際操作時建議到北京市海淀區市場監督管理局官網查詢準確信息。