朝陽區衛生許可證的辦理流程包括以下幾個步驟：

1. 登錄朝陽區衛生健康委員會的網站，找到“衛生許可證申請”或類似的操作入口。

2. 注冊賬號并登錄。如果是使用該系統，需要先進行賬號注冊。按照網站上的提示填寫相關信息，完成注冊后登錄系統。

3. 選擇“新申請”或類似選項，開始填寫申請衛生許可證的相關信息。根據要求，提交所需的資料和證明文件。

4. 遞交申請并支付費用。填寫完所有信息和上傳相關文件后，點擊“確認提交”或類似選項，然后按照系統提示進行支付相關費用。支付方式可以選擇支付寶、微信等在線支付渠道。

5. 材料核查和初審。提交申請后，朝陽區衛生健康委員會將對所提供的材料進行核查和初審。如發現問題或需要補充材料，系統會自動發送通知，請及時處理。

6. 現場辦理和審批。經過初審合格后，需要按照通知要求到所在地的朝陽區衛生健康委員會進行現場辦理和審批。請攜帶好相關申請材料的原件和復印件，并按照現場工作人員的指引進行操作。

7. 領取衛生許可證。通過現場辦理和審批后，等待一定時間后，可以到朝陽區衛生健康委員會領取衛生許可證及相關文件。請認真核對所領取的證件和文件的準確性。

在辦理過程中遇到疑難問題，可以采取以下措施：

1. 咨詢相關部門或人士：在辦理過程中遇到問題，可以咨詢相關部門或人士，了解具體要求和解決方案。

2. 尋求代辦機構的幫助：如果自己無法解決疑難問題，可以尋求代辦機構的幫助。代辦機構可以提供的服務，協助企業快速獲得所需的證照。

3. 提交投訴和建議：如果認為辦理過程中存在問題或需要改進的地方，可以向相關部門提交投訴和建議。相關部門會進行調查和處理，幫助企業解決問題。

以上信息僅供參考，具體要求可以咨詢朝陽區衛生健康委員會或相關部門。