在海淀區申請食品經營許可證時，超市和煙酒店需要準備以下材料：

1. 食品經營許可證申請表。

2. 營業執照或其他主體資格證書復印件。

3. 適用于食品經營的主要設備設施布局、操作流程等相關資料。

4. 食品安全自查、員工健康管理、采購檢驗記錄、食品安全事故處置等保障食品安全的規章制度。

5. 申請人還應提交自動售貨設備的產品證書、具體地址、經營者名稱、住所、聯系方式、食品經營許可證公示方法等相關材料。

6. 申請人委托他人申請辦理食品經營許可證的，代理人應當提交委托授權書和代理人身份證明文件。

7. 如實向食品藥品監督管理部門提交相關材料，反映真實情況，對申請材料的真實性負責，并在申請書等材料上簽名蓋章。

此外，對于超市和煙酒店，還需要注意以下幾點：

1. 確保食品經營場所的衛生和安全，包括場所的清潔衛生、設備的維護保養、食品的儲存和銷售等。

2. 確保食品經營人員的健康和衛生，包括健康證明的取得和定期體檢的落實。

3. 確保食品供應商的合規性和信譽度，包括供應商的資質認證和產品等。

4. 遵守相關法律法規和政策規定，包括食品安全標準、質量管理體系認證、食品進出口管理等。

以上材料和注意事項僅供參考，具體要求和標準可能會因地區和具體情況而有所不同，建議在申請前先咨詢當地市場監督管理局或律師。